吐鲁番市区的面积不大,多数宾馆集中分布在几条主干道,其中位于南北走向的高昌路和青年路上的酒店有吐鲁番大饭店、康泰酒店、鸿远酒店、吐鲁番宾馆等,位于东西走向的绿洲路、文化路上的酒店有丝路绿洲宾馆、金新宾馆。市区唯一一座五星级的宾馆吐哈石油大厦也在文化路230号。
除了市区之外,方便住宿的地方还有鄯善县,主要位于鄯善县火车站附近,如火车站宝城、金田宾馆等。此外,游览葡萄沟时,可选择住在沟内的葡萄山庄,不过价格较为昂贵。